Küçük Joe, genetiği değiştirilmiş bir bitki üreten genç bir kadının hikayesini konu ediyor. Bekar bir anne olan Alice, yeni türler geliştirmekle uğraşan bir şirkette çalışan kıdemli bir bitki yetiştiricisidir. Genç kadın, uzun zamandır bir bitki üzerinde çalışmaktadır. Alice’in ürettiği kırmızı bitki, sadece güzelliği ile değil aynı zamanda tedavi edici değeri ile de dikkat çekmektedir. Bitki, ideal sıcaklıkta tutulur, düzgün beslenir ve onunla düzenli olarak konuşulursa sahibini mutlu etmektedir. Genç kadın, her ne kadar şirket politikasına uymasa da, bitkiyi oğlu Joe'ya ev hediyesi olarak almaya karar verir. Bitkiye "Little Joe" adını veren anne oğul, bitkilerin büyüdükçe verdikleri isim kadar zararsız olmadığına dair şüphe duymaya başlar. Bitkileri gözlem altında tutan Alice, bitkilerin tohumlarını saçıldıkça, insanlar üzerinde farklı etkiler yarattığını düşünür. Yaşananların gerçek mi yoksa birer hayal ürünü mü olduğunu ayırt edemeyen Alice, kendisini tuhaf bir oyunun içerisinde bulur.